mit dem Tool ORCA kannst du eine .msi Datei bearbeiten, oder ein Transformfile anlegen.

Download Installation

ORCA ist enthalten in Windows Installer SDK Beispiele:
https://developer.microsoft.com/de-at/windows/downloads/windows-10-sdk/  

unter C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\bin\10.0.?????.0\x86

ORCA starten und ein MSI-Paket öffnen

Liste der Auswahlmöglichkeiten beim Installieren sind in der Tabelle "Features"

   
Features zum Standard-setupverhalten hinzufügen  unter "Property"
new row
ADDLOCAL
option1,option2,...   

als Beispiel: 

Das MSI kann dann mit den Änderungen gespeichert werden.

MST-Datei

Das Ganze kann auch in einer Transform Datei (.mst) gespeichert werden (damit die msi Datei nicht geändert werden muss)

dazu vor der ersten Änderung: Transform: "New Transform"   
mit "Generate Transform" kann die Anpassungsdatei geschrieben werden:   
der Aufruf des Setups erfolgt dann folgendermassen:

msiexec /i PfadzumMSIPaket TRANSFORMS=PfadzumMSTFile

für Silent Install:
msiexec /i PfadzumMSIPaket TRANSFORMS=PfadzumMSTFile /qn /norestart