mit dem Tool ORCA kannst du eine .msi Datei bearbeiten, oder ein Transformfile anlegen.

ORCA ist enthalten in Windows Installer SDK Beispiele:
https://developer.microsoft.com/de-at/windows/downloads/windows-10-sdk/

unter C:\Program Files (x86)\Windows Kits\10\bin\10.0.?????.0\x86

ORCA starten und ein MSI-Paket öffnen:
Liste der Auswahlmöglichkeiten beim Installieren sind in der Tabelle "Features"

   
Features zum Standard-setupverhalten hinzufügen  unter "Property"
new row
ADDLOCAL
option1,option2,...   

als Beispiel: 

Das MSI kann dann mit den Änderungen gespeichert werden.
Das Ganze kann auch in einer Transform Datei (.mst) gespeichert werden (damit die msi Datei nicht geändert werden muss)

dazu vor der ersten Änderung: Transform: "New Transform"   
mit "Generate Transform" kann die Anpassungsdatei geschrieben werden:   
der Aufruf des Setups erfolgt dann folgendermassen:

msiexec /i PfadzumMSIPaket TRANSFORMS=PfadzumMSTFile

für Silent Install:
msiexec /i PfadzumMSIPaket TRANSFORMS=PfadzumMSTFile /qn /norestart   

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