mit dem Tool ORCA kannst du eine .msi Datei bearbeiten, oder ein Transformfile anlegen.

ORCA ist enthalten in Windows Installer SDK Beispiele:
www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyId=A55B6B43-E24F-4EA3-A93E-40C0EC4F68E5&displaylang=en
unter \Microsoft SDK\bin\ORCA.msi


ORCA starten und ein MSI-Paket öffnen:
Liste der Auswahlmöglichkeiten beim Installieren in der Tabelle "Features"   
  Features zum Standard-setupverhalten hinzufügen  unter "Property"
new row
ADDLOCAL
option1,option2,...   
  das Ganze kann auch in einer Transform Datei (.mst) gespeichert werden (damit die msi Datei nicht geändert werden muss)

dazu: Transform: "New Transform"   
mit "Generate Transform" kann die Anpassungsdatei geschrieben werden:   
der Aufruf des Setups erfolgt dann folgendermassen:

msiexec /i PfadzumMSIPaket TRANSFORMS=PfadzumMSTFile

für Silent Install:
msiexec /i PfadzumMSIPaket TRANSFORMS=PfadzumMSTFile /qn /norestart